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Pollux, le castor, a taillé la première planche de l'arche mais au rythme où il travaille, le navire ne sera jamais terminé. Le gang des animaux libres décide de se rendre dans la réserve naturelle pour demander de l'aide à une colonie de castors en liberté.

Oscar l'ornithorynque, toujours en quête de ses origines, a appris à lire et découvert que les castors peuvent aider les membres du Gang des animaux libres à construire leur arche. Ils montent donc une opération pour libérer Pollux. Mais Papou le babouin, qui n'approuve pas leur projet, a vendu la mèche au directeur.

Les membres du Gang des animaux libres ont décidé de construire leur arche de Noé, qui pourra les emporter loin de la ville. Esméralda, l'anaconda, conseille à ses amis de construire leur bateau près de l'eau, ce qui facilitera l'embarcation. Le GAL descend dans les profondeurs et découvre une rivière souterraine. Mais l'eau monte à toute vitesse, menaçant de noyer les animaux.

Alors qu'au sein du Gang des animaux libres, les vivres commencent à manquer et que les castors se plaignent de travailler sur l'Arche sans jamais sortir, un loup du nom de Brutus fait son apparition et se fait rapidement accepter par le groupe. Peu à peu cependant, son véritable tempérament se dévoile : il veut devenir chef et imposer sa loi.

M. Leveau, le directeur du zoo, veut tuer Hamlet, le loup, pour récupérer le pelage en vue d'offrir un manteau à sa fille. Hamlet s'échappe, aidé par Barnabé le gorille, et rejoint les Galoupiats, des animaux libres qui vivent une existence de rêve dans un lieu secret.

Le gang des animaux libres parvient à échapper au directeur du zoo, M. Leveau. Oscar, un animal étrange, tombe malade, car il est malheureux de ne pas savoir qui il est. Ses compères décident de l'emmener au Muséum d'histoire naturelle pour retrouver ses origines. C'est à ce moment-là que surgit M. Leveau, qui tente d'attraper Barnabé et Hamlet.

Le Gang des animaux libres est obligé de rester au Paradis : il a neigé, et leur passage laisserait des empreintes de pas qui conduiraient les humains droit à leur repaire. Leur ravitaillement est assuré par deux perroquets : Verdi et Diva. Cette dernière, épuisée, percute une vitrine et est recueillie par un biologiste qui l'emmène dans un centre d'expérimentations militaires.

Le Gang des animaux libres tente d'échapper à la brigade canine par la rivière souterraine. Ils espèrent trouver une issue assez loin de la ville et faire croire aux humains qu'ils se sont enfuis pour ne plus revenir.