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Kirito s'engouffre à l'intérieur du VRMMO « Alfheim Online » pour atteindre le sommet de l'Arbre du monde. Il y rencontre une Sylphide du nom de Leafa, qui accepte de l'y accompagner... Cependant, Leafa n'est en réalité personne d'autre que la propre soeur de Kazuto, Suguha. Cette dernière éprouve secrètement des sentiments pour celui qui est en réalité son cousin. Ils poursuivent leur route ensemble vers l'« Arbre du monde » sans connaître le destin qui les lie ni celui qui les attend...

Après avoir vaincu le général des Salamandres Eugène, et protégé les chefs des Cait Siths et des Sylphes, Kirito et Leafa parviennent enfin à la ville d'Alne, au pied de l'Arbre Monde. Leafa finit par apprendre que Kirito n’est autre que Kazuto son cousin, et qu’il est amoureux d’Asuna. Pendant ce temps, cette dernière tente désespérément de s'échapper de sa geôle confinée au sommet de l'Arbre Monde...

Kazuto Kirigaya, plus connu sous le pseudonyme de Kirito, revient sain et sauf de sa quête de la forteresse d'Aincrad, alors qu’Asuna « l'Éclair Fulgurant », la fille dont il est tombé éperdument amoureux à l'intérieur de SAO ne se réveille malheureusement pas de son long coma... Kazuto se rend à l'hôpital autant qu’il le peut pour veiller sur elle, soutenu par sa soeur Suguha... C’est lors d’une de ces visites que Kazuto apprend de la bouche même de Nobuyuki Sugô, un ingénieur - programmeur, que ce dernier est sur le point de se marier avec Asuna sans attendre son réveil. Au même moment, Agil, un ancien compagnon de lutte de Kazuto, lui signale qu’un avatar ressemblant étrangement à Asuna, serait retenu prisonnier dans un nouveau VRMMO qui fait fureur : « ALfheim Online » !