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Après avoir vaincu le général des Salamandres Eugène, et protégé les chefs des Cait Siths et des Sylphes, Kirito et Leafa parviennent enfin à la ville d'Alne, au pied de l'Arbre Monde. Leafa finit par apprendre que Kirito n’est autre que Kazuto son cousin, et qu’il est amoureux d’Asuna. Pendant ce temps, cette dernière tente désespérément de s'échapper de sa geôle confinée au sommet de l'Arbre Monde...