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Kirito s'engouffre à l'intérieur du VRMMO « Alfheim Online » pour atteindre le sommet de l'Arbre du monde. Il y rencontre une Sylphide du nom de Leafa, qui accepte de l'y accompagner... Cependant, Leafa n'est en réalité personne d'autre que la propre soeur de Kazuto, Suguha. Cette dernière éprouve secrètement des sentiments pour celui qui est en réalité son cousin. Ils poursuivent leur route ensemble vers l'« Arbre du monde » sans connaître le destin qui les lie ni celui qui les attend...