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Après la trahison de Liam, Sherlock et ses alliés s'unissent pour l'arrêter avant qu'il ne fabrique la bombe susceptible d'anéantir la capitale. Sherlock fait appel à Megan Connelly pour traquer le capitaine Johnson, détenteur d'informations sur Liam. Sherlock servira d'appât mais la stratégie est risquée. Proie ou prédateur, le capitaine reste dangereux et chaque heure qui passe rapproche Liam de son objectif...

De 1891 à 1894, Sherlock Holmes s'est fait passer pour mort. Peu de personnes savaient qu'il avait survécu à son affrontement avec James Moriarty aux chutes de Reichenbach. Pas même le docteur Watson. Puis, après bien des épreuves, Holmes a mis fin à cette duperie et repris son activité de détective-conseil. Il travaille aux côtés de Scotland Yard pour arrêter un copycat de Jack l'Éventreur quand son frère Mycroft vient solliciter son aide. Keelodge, un village enclavé entre la mer et la côte a été isolé. Personne ne peut en sortir. Mycroft explique que les gens du village sont tous devenus fous, sanguinaires et cannibales. Il a besoin de lui sur le terrain car ce drame découle vraisemblablement d'un acte criminel. Commence alors l'enquête la plus sombre que Sherlock Holmes ait connu.

Les efforts de Holmes et Hyde pour trouver les responsables de l'empoisonnement de Keelodge les ont conduits jusqu'à Ryan Shelvey, un éminent psychiatre. Se sachant découvert, ce dernier a tenté de faire assassiner Holmes. Le détective est alors plus que jamais décidé à arrêter les fanatiques qui se cachent derrière Shelvey. Et maintenant qu'il fait de cette enquête une affaire personnelle, il est prêt à aller aussi loin qu'il le faudra pour les faire tomber.

Bien décidé à découvrir les criminels qui se cachent derrière le drame de Keelodge, Sherlock, de retour à Londres, poursuit ses investigations. Comme son frère Mycroft l'a écarté de l'affaire, il ne dispose que de peu d'éléments pour faire avancer l'enquête. Elle prend toutefois un tournant décisif quand, remontant la piste du poison, le détective se retrouve face à un certain Edward Hyde, un petit homme répugnant, menacé de mort par ceux-là même qui ont condamné le village.

Quand Liam Holmes détruit la deuxième ville d'Angleterre et menace Londres, George V décide de recourir au voyage temporel pour envoyer son meilleur soldat tuer son père. Tentant d'empêcher le meurtre, Liam se voit contraint de le poursuivre dans le temps. Inconscient de la menace qui pèse sur lui, Sherlock Holmes recrute Owen Chanes au sein de sa fondation qui compte déjà Hayden Hyatts, Lynn Redstone et le docteur Watson.