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Au début du XXIIe siècle, il est possible de mesurer instantanément l'état mental d'une personne, sa personnalité et la probabilité qu'elle commette des crimes grâce à un dispositif installé sur le corps de chaque citoyen appelé Psycho-Pass. Lorsque cette probabilité, mesurée par le niveau du coefficient de criminalité, est trop élevée chez certaines personnes, ces individus sont poursuivis et appréhendés ou, si nécessaire, abattus.

L’histoire du film se déroule quatre ans après les événements de la saison 1 soit en 2120. Le gouvernement japonais a commencé à exporter le système Sibyl dans d’autres pays et débute l’expérimentation avec l’Union d’Asie du Sud-Est. Une paix et une sécurité temporaire s’installent dans la ville côtière de Shambala Float malgré la guerre civile dans laquelle s’enfonce le reste du pays. Très vite, il apparaît qu’un ancien membre de la police japonaise s’est rangé du côté des rebelles opposés à ce nouveau système. S’agirait-il de l’ex-exécuteur devenu paria, Shinya Kôgami ? De son côté, l’inspectrice de la Sécurité publique, Akane Tsunemori, va être amenée avec son équipe de l’unité 1 à mener l’enquête hors de Tokyo et de la juridiction de Sibyl après l’intrusion soudaine de terroristes de l’U.A.S.E sur le sol japonais.

Un an et demi après la fin de la saison 1, l’unité 1 du Bureau de la sécurité publique est de retour avec l’inspectrice Akané Tsunémori à sa tête. Une toute nouvelle équipe qui se lance à la poursuite d’un mystérieux Kamui, instigateur de nombreux attentats. Or l’existence même de Kamui est parfaitement invisible aux yeux du Système Sybil. À nouveau, les limites du Système Sybil sont éprouvées. Quelles seront les conséquences pour l’unité 1 ?

Au début du XXIIe siècle, il est possible de mesurer instantanément l'état mental d'une personne, sa personnalité et la probabilité qu'elle commette des crimes grâce à un dispositif installé sur le corps de chaque citoyen appelé Psycho-Pass. Lorsque cette probabilité, mesurée par le niveau du "coefficient de criminalité", est trop élevée chez certaines personnes, ces individus sont poursuivis et appréhendés ou, si nécessaire, abattus.

Hiver 2117, un véhicule en fuite s’écrase contre l’édifice du Bureau de la sécurité publique. La conductrice est identifiée comme étant Izumi Yasaka, une conseillère psychologique de Sanctuary, un centre l’isolement pour criminels situé dans la préfecture d’Aomori. L’enquêtrice Shimotsuki et l’inspecteur Ginoza sont alors chargés de l’escorter jusqu’au centre afin d’y mener des interrogatoires...

Été 2112, Teppei Sugô, un pilote accompli des forces spéciales de l'Armée japonaise, se joint à l'opération militaire d'Okinawa. Trois mois plus tard, un drone de combat sans pilote ouvre le feu sur le ministère de la Défense à Tokyo. L'agent Tomomi Masaoka est envoyé pour éclaircir cette affaire...

À la suite de l’incident survenu en 2116 dans l’Union de l’Asie du Sud-Est (S.E.A.U), Shinya Kôgami a repris son périple loin du Japon. Lors du sauvetage d’un bus de réfugiés attaqué par des guérilleros, il rencontre une jeune fille, Tenzin, qui le supplie de lui apprendre à se battre...