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L’histoire du film se déroule quatre ans après les événements de la saison 1 soit en 2120. Le gouvernement japonais a commencé à exporter le système Sibyl dans d’autres pays et débute l’expérimentation avec l’Union d’Asie du Sud-Est. Une paix et une sécurité temporaire s’installent dans la ville côtière de Shambala Float malgré la guerre civile dans laquelle s’enfonce le reste du pays. Très vite, il apparaît qu’un ancien membre de la police japonaise s’est rangé du côté des rebelles opposés à ce nouveau système. S’agirait-il de l’ex-exécuteur devenu paria, Shinya Kôgami ? De son côté, l’inspectrice de la Sécurité publique, Akane Tsunemori, va être amenée avec son équipe de l’unité 1 à mener l’enquête hors de Tokyo et de la juridiction de Sibyl après l’intrusion soudaine de terroristes de l’U.A.S.E sur le sol japonais.