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Nous retrouvons notre bande de héros coincés dans le trou bleu en pleine ère secondaire. Un sous-marin nucléaire commandé par le capitaine Yawk arrive lui aussi dans le passé. Son but officiel est de sauver Gaia et ses amis. Mais en réalité, ils sont chargés de retrouver une météorite qui se cache dans l'espace préhistoire, de boucher le passage du trou bleu pour réduire les répercussions de cette météorite sur le monde moderne, et de ramener le plus de dinosaures possible. En apprenant ça, la petite communauté scientifique se met en colère. Pour ses membres, il est hors de question de transporter une espèce animale d'un milieu à un autre. La bataille sera rude, d'autant que la politique s'en mêle avec l'arrivée du député Hawk.

Un poisson préhistorique, le coelacanthe, dont la disparition est estimée à 65 millions d'années, a été récemment capturé au large des Comores. Ses habitants sont convaincus que ce poisson est sorti du "trou bleu", l'équivalent du "trou noir" pour le monde spatial. Une expédition scientifique s'empare de l'affaire. Certains chercheurs sont en effet persuadés que le trou bleu est un tunnel qu'il suffit de traverser pour se retrouver en pleine ère secondaire. Sitôt dit, sitôt fait, et l'expédition doit rapidement apprendre à survivre au milieu des animaux préhistoriques ... et faire face aux luttes internes pour le pouvoir qui sévissent dans le groupe.