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Nous retrouvons notre bande de héros coincés dans le trou bleu en pleine ère secondaire. Un sous-marin nucléaire commandé par le capitaine Yawk arrive lui aussi dans le passé. Son but officiel est de sauver Gaia et ses amis. Mais en réalité, ils sont chargés de retrouver une météorite qui se cache dans l'espace préhistoire, de boucher le passage du trou bleu pour réduire les répercussions de cette météorite sur le monde moderne, et de ramener le plus de dinosaures possible. En apprenant ça, la petite communauté scientifique se met en colère.