Mi-Husky, mi loup, Balto ne sait pas à quelle race il appartient. En Alaska, il se sent rejeté par tous, sauf ses vrais amis, Boris, l'oie des neiges russe, Muk et Luk, les petits ours polaires, et Jenna, la belle Husky. Un jour, une épidémie de diphtérie se répand parmi les enfants de Nome. Un blizzard barrant toutes les routes, la seule solution est qu'une équipe de chiens de traîneaux parcoure 1000 km pour ramener le sérum. Mais les chiens s'égarent dans ce désert glacé. Balto est désormais le seul à pouvoir secourir l'équipage et sauver les enfants...