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Contrairement à beaucoup de ses contemporains, Jean-Sébastien Bach n'a jamais eu l'intention de composer des sonates ou des partitas pour flûte en recueils de 6 ou 12, comme il était de coutume à l'époque (et comme il l'a fait lui-même pour le violon, le violoncelle et le clavecin). Les sonates pour flûte de Bach ont été écrites sur une période de plus ou moins 30 ans, allant de 1717 à 1747, époque où il se familiarisa avec les différents types de flûtes en usage à l'époque et fit la rencontre de plusieurs flûtistes très doués. La question de savoir quels flûtistes et facteurs de flûtes Bach a pu connaître a été déterminante dans le choix de ce programme. Lors de son élaboration, Frank Theuns a comparé et évalué les qualités de jeu de différentes flûtes datant du début du XVIIIe siècle. Finalement, il s'est décidé pour une copie d'une flûte réalisée par Pierre Gabriel Buffardin. Le son équilibré, brillant, " italianisant " de cet instrument est un choix parfait pour les exigences de ce répertoire. En plus d'être un flûtiste et un compositeur accompli, Buffardin était un facteur de flûte renommé que Bach pourrait avoir rencontré à Dresde en 1717.