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Contrairement à beaucoup de ses contemporains, Jean-Sébastien Bach n'a jamais eu l'intention de composer des sonates ou des partitas pour flûte en recueils de 6 ou 12, comme il était de coutume à l'époque (et comme il l'a fait lui-même pour le violon, le violoncelle et le clavecin). Les sonates pour flûte de Bach ont été écrites sur une période de plus ou moins 30 ans, allant de 1717 à 1747, époque où il se familiarisa avec les différents types de flûtes en usage à l'époque et fit la rencontre de plusieurs flûtistes très doués.