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Six mois après la résolution de l'affaire du Rieur, des terroristes se faisant appeler Les onze individuels prennent les employés de l'ambassade de Chine en otage. La Section 9 a pour mission de sauver les victimes prises dans ce conflit. L'équipe d'Aramaki enquête alors sur un complot impliquant le nouveau gouvernement et les réfugiés politiques qui ont aidé à la reconstruction du pays. Motoko Kusanagi et son équipe sont alors contactés par le non moins mystérieux qu'effrayant Kazundo Goda, un agent de l'ombre apparemment très influent au gouvernement.

Le destin de l'humanité a changé à jamais le jour où de mystérieuses créatures sont apparues et ont commencé à ravager les villes du monde entier. Ce qui semble les attirer ? La musique. Celle-ci fut logiquement interdite, au point où les plus jeunes générations n'en connaissent même pas l'existence... Echo, un jeune ado, survit dans ce monde misérable grâce à son dur labeur dans un endroit appelé "la décharge du monde". Un jour, travaillant sur une montagne de déchets, il tombe sur une jeune amnésique dotée d'une prise jack dans le dos. Ensemble, ils décident de partir à la découverte de ses origines et d'écrire à deux la partition qui changera le monde à tout jamais.

En sauvant une mystérieuse jeune femme, Lelouch reçoit le pouvoir du Geass. Avec ce don, qui lui permet de manipuler quiconque le regarde dans les yeux, il décide d'aider les Japonais à se révolter contre l'Empire Britania et de découvrir dans le même temps qui a commandité l'assassinat de sa mère lorsqu'il était enfant. Mais, pour arriver à ses fins, il doit être prêt à sacrifier même ses amis les plus proches...

2030. Le monde entier est tissé de réseaux électroniques. Une force spéciale d'intervention, la Section 9, a été mise en place par le ministère de l'Intérieur pour traquer la cybercriminalité. Elle est dirigée par le Major Motoko Kusanagi, dont le corps est entièrement cybernétisé. La Section 9 enquête sur les agissements d'un hacker de génie dénommé Òle RieurÓ. Considéré comme un dangereux criminel du fait de ses exactions et de ses hacks de cyber-cerveaux, il semble cependant être animé par une noble cause... Sur la piste du Rieur, la Section 9 va alors plonger dans un vaste complot médico-politique.