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Six mois après la résolution de l'affaire du Rieur, des terroristes se faisant appeler Les onze individuels prennent les employés de l'ambassade de Chine en otage. La Section 9 a pour mission de sauver les victimes prises dans ce conflit. L'équipe d'Aramaki enquête alors sur un complot impliquant le nouveau gouvernement et les réfugiés politiques qui ont aidé à la reconstruction du pays. Motoko Kusanagi et son équipe sont alors contactés par le non moins mystérieux qu'effrayant Kazundo Goda, un agent de l'ombre apparemment très influent au gouvernement.