En sauvant une mystérieuse jeune femme, Lelouch reçoit le pouvoir du Geass. Avec ce don, qui lui permet de manipuler quiconque le regarde dans les yeux, il décide d'aider les Japonais à se révolter contre l'Empire Britania et de découvrir dans le même temps qui a commandité l'assassinat de sa mère lorsqu'il était enfant. Mais, pour arriver à ses fins, il doit être prêt à sacrifier même ses amis les plus proches...