Vernon Subutex, disquaire au chômage, se fait expulser de son appartement. En quête d'un endroit où dormir, il sollicite d'anciens amis de la bande de Revolver, son mythique magasin de disques, dont Alex Bleach, rock-star sur le retour. Mais celui-ci meurt d'une overdose et lui laisse trois cassettes vidéo.
Nozomi est une jeune femme extravertie et très populaire auprès de ses camarades de classe, doublée d'une talentueuse flûtiste. Mizore, plus discrète et timide, joue du hautbois. Mizore se sent très proche et dépendante de Nozomi, qu'elle affectionne et admire. Elle craint que la fin de leur dernière année de lycée soit aussi la fin de leur histoire, entre rivalité musicale et admiration. Les deux amies se préparent à jouer en duo pour la compétition musicale du lycée Kita Uji. Quand leur orchestre commence à travailler sur les musiques de "Liz und ein Blauer Vogel" ("Liz et l'oiseau bleu"), Nozomi et Mizore croient voir dans cette œuvre bucolique le reflet de leur histoire d'adolescentes. La réalité rejoindra-t-elle le conte ?
Après la disparition mystérieuse de Harry Goodman, un détective privé, son fils Tim va tenter de découvrir ce qui s'est passé. Le détective Pikachu, ancien partenaire de Harry, participe alors à l'enquête : un super-détective adorable à la sagacité hilarante, qui en laisse plus d'un perplexe, dont lui-même. Constatant qu'ils sont particulièrement bien assortis, Tim et Pikachu unissent leurs forces dans une aventure palpitante pour résoudre cet insondable mystère. A la recherche d'indices dans les rues peuplées de néons de la ville de Ryme ¸métropole moderne et tentaculaire où humains et Pokémon vivent côte à côte dans un monde en live-action très réaliste où ils rencontrent plusieurs personnages Pokémon et découvrent alors un complot choquant qui pourrait bien détruire cette coexistence pacifique et menacer l'ensemble de leur univers.