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Les séparatistes veulent détruire la fabrique de clones située sur Kamino. Un commando jedi, dont font partie Obi-Wan Kenobi et Anakin Skywalker, est envoyé pour protéger le site. Ils découvriront que Jango Fett, bien que mort, joue encore un rôle important dans ce conflit. Premier des quatre volets de la série 3.

Le sénateur Palpatine et les séparatistes sont parvenus à leurs fins : exterminer l'ordre des Chevaliers Jedi grâce à l'armée des Clones et préparer l'avènement d'un Empire. Au coeur de la tourmente, les Jedi fugitifs se regroupent contre un nouvel ennemi : Dark Vador ! Parmi eux, Quinlan Vos et ses compagnons doivent survivre s'ils veulent sauver ce qu'il reste de la République.

La guerre des clones connaît ses jours les plus sombres. Obi-Wan Kenobi et Anakin Skywalker combattent pour leur survie. Le sénateur Bail Organa lutte pour préserver la liberté dans la galaxie. Et maître Yoda tente d'empêcher un vieil ami de plonger un système solaire dans la guerre.

Obi-Wan Kenobi et son padawan, Anakin Skywalkers, commandent un régiment de clones sur la planète Jabiim, où se trouvent des ressources vitales pour les deux camps. Privés de renforts à cause des orages incessants, ils deviennents des proies faciles pour l'ennemi. La situation se dégrade un peu plus avec la disparition d'Obi-Wan, laissant Anakin diriger seul les Jedi inexpérimentés.

Le Jedi Quinlan Vos et sa padawan Aayla Secura combattent deux dangereux ennemis de la République : Aurra Sing, et le comte Dooku, leader des forces séparatistes. Une fois de plus, les chevaliers Jedi verront à quel point il est difficile, même pour les plus forts d'entre eux, de résister au côté obscur de la force.

Sous les ordres du général Obi Wan Kenobi, les Jedi se lancent dans la guerre sans merci déclenchée par les séparatistes. Le jeune Anakin se voit confier la mission de sauver la population de la planète Naboo, sur laquelle se trouve sa bien-aimée, la princesse Padmé Amidala.

Les chevaliers Jedi, en mission sur la planète Boz Pity, espèrent bien livrer une bataille décisive contre les forces séparatistes. Mace Windu, de son côté, affronte le général Grievous. Obi-Wan Kenobi, quant à lui, s'est lancé dans une quête vengeresse, à la poursuite de Asajj Ventress, une Jedi passée du côté obscur de la Force...

Des mutins de la flotte Rendili qui ont pris la tête d'un cuirassé interstellaire, veulent se ranger du côté des séparatistes. Anakin Skywalker, devenu chevalier, tente avec d'autres maîtres Jedi de les arrêter. Obi-Wan découvre que Quinlan Vos et d'autres Jedi noirs sont aussi à bord du cuirassé.

Le guide des chasseurs de prime est pourchassé par une section d'assaut menée par Mace Windu car il a rompu les accords de non-agression en poursuivant des chevaliers du Jedi. Dans le même temps, Anakin apprend qu'il faut sacrifier des vies pour la cause.

Face à la montée des forces séparatistes, les Jedi sont obligés de se salir les mains. Des alliances se forment, des destinées se forgent et certains Jedi - jadis hommes de paix - sont aujourd'hui infiltrés dans les rangs de l'ennemi se confrontant ainsi au côté obscur. Aayla Secura et Quinlan Vos en découvrent le prix tout particulièrement le prix. La République toute entière pourrait bien basculer dans le chaos...