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Grâce à l'aide de Green et Blue, Red est persuadé d'avoir déjoué pour de bon les plans de la maléfique Team Rocket. Toujours décidé à compléter le Pokédex que lui a confié le professeur Chen, il repart sur les routes accompagné de ses Pokémon. Mais Red est loin de se douter des dangers qui l'attendent. (Electre ©)

Jaune a recueilli Pikachu et part à la recherche de Rouge qui a disparu après son combat contre Aldo. (Electre ©)

Red s'introduit dans le laboratoire du professeur Chen et permet aux Pokémon de s'échapper dans la nature. En partant en mission pour les récupérer, il prouve au professeur qu'il est plus mature qu'il n'y paraît. Chen lui confie un Pokédex. Red va devoir affronter la Team Rocket pendant son voyage initiatique.