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Lily, une fillette de 10 ans, est depuis le décès de son père tenue enfermée dans un grenier par sa belle-mère. Une nuit, elle reçoit la visite de Po, un curieux fantôme lui apportant un message de son père. Pendant ce temps, un jeune apprenti alchimiste est chargé par son maître de discrètement la surveiller.

Quand ils se sont rencontrés de l'Autre Côté, le père de Lily a délivré un message pour sa fille à Po : il ne connaîtrait le repos qu'une fois que ses cendres auraient été dispersées sous le saule où repose la mère de Lily. Avec l'aide de Po et de Balluchon, la fillette réussit à s'échapper du grenier où elle est enfermée pour réaliser le souhait de son père. A la gare, elle croise le chemin de Will, le jeune apprenti alchimiste. Ce dernier a failli à sa mission et s'enfuit pour échapper à la colère de son maître...

Will, l'apprenti alchimiste, s'est lié d'amitié avec Lily et Po. Il décide de les aider à réaliser le voeu du père de Lily.