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Nos codeurs en herbe continuent de percer les secrets enfouis de leur collège. Ils découvrent que l'établissement hébergeait autrefois une école où enseignants, élèves et robots travaillaient de concert afin d'élucider les mystères du codage. Hopper et ses compagnons s'apprêtent à suivre les traces de leurs glorieux aînés pour devenir à leur tour des codeurs hors pair, mais le principal et les rugbymen du collège semblent s'intéresser d'un peu trop près à leurs activités...

L'héroïne de la série, Hopper, découvre que son père, désormais aux abonnés absents, a été formé à l'Institut Bee, cette mystérieuse école de codage autrefois hébergée dans les murs de la Stately Academy. Derrière sa disparition plane l'ombre du menaçant Dr. Un-Zéro, lui aussi ancien de l'Institut Bee dont il était l'un des meilleurs élèves. Cet affreux bonhomme verdâtre n'a aujourd'hui plus qu'une seule idée en tête : capturer " la tortue la plus puissante au monde " afin d'accomplir de bien sombres desseins... Et seuls nos codeurs en herbe semblent en mesure de l'en empêcher.

Hopper déteste cordialement son nouveau collège. Les autres élèves sont hargneux, le proviseur est inquiétant et le bâtiment lui-même est carrément angoissant. Imaginez un peu : les murs sont couverts de chiffres 9, sans raison évidente ! À moins que... Hopper et son nouveau camarade Eni sont résolus à tirer tout cela au clair. Mais le mystère du collège a semble-t-il été programmé de toutes pièces, si bien qu'il faudra de vrais codeurs pour le déchiffrer ! Hopper et Eni s'apprêtent justement à endosser leur nouveau costume de codeurs de l'ombre.