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Petit, rondouillard, morfale et obsédé, Nikumaru est néanmoins expert du ninjutsu. Fort étrangement, Mako, son amie d'enfance et la plus belle fille de l'académie, est folle amoureuse de lui. Autour de ce duo de choc se déchaîne un ouragan de catastrophes et de péripéties hilarantes.

Le jeune Nekowakamu forme avec son cochon un duo de ninjas teigneux et improbable. Afin de parfaire sa technique et de canaliser son énergie, ses parents l'envoient étudier à la célèbre académie des ninjas. Le choc avec Nikumaru, le gros et meilleur ninja de l'école, est alors inévitable.

Loin de se décourager, l'apprenti ninja continue son enquête pour percer le secret de la technique du vent divin et remarque que les chaussures du Nikumaru sont anormalement usées. Cette découverte le met sur une piste. Et quand Mako vient lui demander de renoncer à son projet, il lui annonce qu'il a enfin réussi à maîtriser la fameuse technique...