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Le Japon se prépare à accueillir les Jeux Sportifs Mondiaux (JSM) à Tokyo. Le tout nouveau train à très grande vitesse Hyper Linear "Japanese Bullet" est le premier au monde à opérer dans un tunnel sous vide. Ce bijou de la technologie japonaise, capable d'atteindre 1 000 Km/h, sera inauguré à l'ouverture des JSM. Lors d'une fête organisée pour les sponsors des jeux, d'étranges incidents ont lieu, puis des personnalités sont kidnappées. Conan enquête et trouve un lien potentiel avec les kidnappings qui ont eu lieu aux JSM de Boston quinze ans auparavant.

Katsuo, mène une vie de lycéen ordinaire à Tokyo. Il préfère les jeux vidéo et les mangas aux cours de kendo durant lesquels son grand-père lui impose de longs et assommants discours. Ce qu'il aimerait, c'est vivre un peu sa vie comme il l'entend. Jusqu'au moment où il touche accidentellement un sabre magique et se retrouve piégé dans le passé, en plein Japon médiéval.