Dans ce Japon contemporain, la fonction de kami, ou divinité, est attribuée à des humains dotés de pouvoirs surnaturels. Un diplôme d'État leur permet d'être employés dans un sanctuaire. La grand-mère de Nagi était déesse mais, depuis sa mort accidentelle, le temple dont elle avait la charge est déserté. Au grand désespoir de sa petite-fille qui n'a malheureusement aucun pouvoir. Du moins c'est ce qu'elle croit, attribuant tous les dons à son frère jumeau Takeru, qui vit reclus et qui communique avec sa sœur par télépathie. La rencontre de Nagi avec un jeune et beau kami surdoué change la donne : détectant les pouvoirs de l'adolescente, il la fait admettre à l'académie Kannagara, établissement très coté pour former ces futures divinités. Un week-end d'intégration où elle fait équipe avec cinq autres camarades fait émerger ses capacités exceptionnelles…