Flanqué de ses deux pittoresques compagnons d'aventure, Steiner et Lévi Colombia, le Maltais reprend la route au fil de quatre histoires. Il s'agit de retrouver le fils de Nathan Stone et de sa femme Jivaro, tous deux sans doute tués par Mendoza, redoutable trafiquant d'esclaves. Bien vite, Corto comprend que ses amis recherchent l'El Dorado, et se retrouve dans les dédales de Venise...