Cela fait maintenant quatre expéditions que mène la Commission des Chasseurs, envoyant navires et hommes vers le Nouveau Monde afin de suivre un phénomène encore incompris : la Traversée des Anciens. Tous les dix ans, les plus puissants monstres du monde connu, dont le colossal Zorah Magdaros, traversent l'océan pour rallier les terres sauvages et inexplorées du Nouveau Monde. Afin de comprendre ce phénomène et ses impacts écologiques, le joueur est envoyé avec le reste de la Cinquième flotte pour prêter main forte aux courageux explorateurs des quatre expéditions précédentes et comprendre le mystère que cache la migration cyclique de ces créatures.