La saga de Usagi Yojimbo, le lapin samouraï, débute dans le Japon du 17e siècle. Le temps des guerres civiles est juste révolu et le Shogun a pris le pouvoir. Alors que les samouraïs représentent la classe dominante du pays, une période de troubles et d'intrigues politiques s'installe. Un complot visant à renverser le Shogun va impliquer toutes les vieilles connaissances d'Usagi.