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Malgré tous les obstacles qu'il a surmontés avec brio, Kirito perd un combat face au mystérieux joueur, l'Epée absolue. Intriguée par cette défaite, Asuna décide d'aller à la rencontre de cet individu, qui se révèle être une jeune fille nommée Yuuki. Après avoir fait la connaissance de sa guilde, les Sleeping Knights, Asuna s'allie au petit groupe afin de les aider à terminer une quête. Durant cette nouvelle aventure, elle va découvrir un terrible secret qui la marquera à jamais.

Kirito s'engouffre dans le VRMMO Gun Gale Online et participe au tournoi Bullet of Bullets afin de lever le voile sur le mystère entourant un mystérieux assassin du nom de Death Gun. Il rencontre durant la compétition un joueur ressemblant en tout point au profil de Death Gun, lui rappelant étrangement un survivant de SAO... Kirito ne parvient pas à oublier les actes qu'il a commis autrefois, mais retrouve petit à petit confiance en lui aux côtés de Sinon, une tireuse d'élite rencontrée dans le jeu. Après avoir passé les phases éliminatoires avec succès, Kirito et Sinon entament la finale du BoB dans le but de remporter le tournoi et découvrir celui qui se cache derrière le masque de Death Gun Phantom Bullet, version manga, troisième volume !

Enfermé dans le mystérieux monde virtuel de l'Underworld, Kirito se lie d'amitié avec un PNJ du nom d'Eugeo. Celui-ci lui dévoile son passé et lui explique qu'Alice, une amie d'enfance, est retenue prisonnière dans la capitale de l'Empire pour avoir transgressé une loi des Tables interdites et effleuré par erreur les terres des Massifs Lointains. C'est en apprenant cela que la jeune soeur d'Alice, Selka, décide de suivre les traces de sa soeur. Eugeo, parti à se recherche, se voit gravement blessé par une troupe de gobelins venue du Pays des Ténèbres...