Le FBI demande à l'agence Stargate l'aide de Walter Duncan pour une enquête sur un tueur en série qui décapite ses victimes. Les indices laissés par le meurtrier ramène Walter à l'époque où il démissionna de la police, après la mort mystérieuse de son partenaire.
L'agence Stargate se voit confier un étrange marché : le multimilliardaire Karadine léguera un jeu de cartes très ancien en échange de sa protection jusqu'à sa mort. Evénement imminent car l'homme souffre d'un cancer en phase terminale. Très vite, Walter et Mood s'aperçoivent que le dossier Karadine est truqué...
A la recherche de la pierre philosophale, l'agent Gavroche et le capitaine bonapartiste Dantès dérobent le coffre renfermant les chandeliers et la carte menant au tombeau de l'abbé Frollo, tandis que la menace du fantôme de Paris se fait de plus en plus précise.
Après plusieurs jours d'incessantes recherches, les équipes de secours finissent par retrouver la ville engloutie. Elle gît par trois mille mètres de fond, en partie détruite, couchée sur le flanc au bord d'une faille sous-marine dans laquelle elle risque à tout moment de basculer. Les sauveteurs tentent l'impossible.
Golden city a coulé. Les sauveteurs parviennent à découvrir quelques survivants. Parmi eux, le commandant Basinger qui leur apprend que la cité a été coulée par une torpille filo guidée qu'Harrisson Banks n'a pu intercepter. Depuis, ce dernier à disparu.
Cinq ans après le naufrage, la nouvelle Golden city est prête à être inagurée, sans la présence de Banks qui est toujours porté disparu. Pendant ce temps, un vent de révolte commence à souffler sur la Terre.