Seize ans ont passé depuis le terrible drame survenu dans le Tokyo Spacetree. Arata est devenu éminent chercheur au sein de l'Université des Colonies Unies. Son objectif est clair : venir en aide aux daphnéens pour allonger leur espérance de vie... Aveuglé par ses recherches, il ne voit pas que Tara s'impatiente et ne rêve que d'une chose : passer un nouveau contrat avec lui.