En 2000, un astéroïde frappa la Terre, provoquant un cataclysme sans précédent. Les humains qui y survécurent construisirent une nouvelle ville, Tokyo 3. Ils s'apprêtaient à vivre enfin en paix lorsque de mystérieuses créatures appelées "Anges" apparurent, semant terreur et destruction. Pour les repousser, des robots appelés Evangelion furent construits.