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Naruto est de retour ! Après trois ans d'entraînement avec Jiraya, il retrouve ses camarades de l'Académie Ninja ainsi que ses professeurs à Konoha. Tous ont évolué, y compris les ninjas du village de Suna. Seul Kakashi semble être resté fidèle à lui-même ! Hélas, les retrouvailles sont de courte durée. Gaara, devenu depuis peu Kazekage de son village, est menacé. Tout porte à croire que l'Akatsuki est à l'origine de l'attaque, mais dans quel but ?

La team "Hebi" est enfin au complet… Alors que Sasuke explique la mission de chacun, Deidara décide de l’affronter afin de prouver que son art peut rivaliser avec une technique héréditaire… Le combat s’annonce titanesque ! De son côté, Jiraya décide d’infiltrer le village caché d’Ame, dont le chef serait le leader de l’Akatsuki ! Lors de son investigation, il apprend que Pain y est vénéré comme un Dieu. Découvert, il n’a pas d’autre choix que de le combattre mais son adversaire possède le Rinnegan, tout comme l’une de ses anciennes connaissances…

Après la victoire de Naruto sur le terrible Pain, les habitants de Konoha s’affairent à la reconstruction de leur village. Les dégâts sont lourds, et l’état de Tsunade ne s’améliore toujours pas. Danzo de la racine est nommé sixième Hokage ! Il doit impérativement se rendre au sommet des cinq Kage. Ce dernier a lieu au pays du Fer. Pour la première fois le Raikage, le Mizukage, le Kazekage, le Tsuchikage et le Hokage sont réunis autour d’une même table. La tension est palpable, et les esprits pourraient s’échauffer au moindre mouvement de l’Akatsuki…

La 4e grande guerre ninja est déclarée, chaque pays doit se préparer à affronter de redoutables ennemis. Il faut impérativement préserver Naruto qui porte en lui Kyûbi. Il est décidé par les hautes autorités qu’il aille sur une île secrète de Kumo. Naruto doit ainsi faire la rencontre de Killer Bee, et lui demande de l’aider pour maîtriser le pouvoir de Kyûbi. Mais la tâche est loin d’être simple et Naruto devra affronter sa propre haine pour avancer.

La 4e Grande Guerre Ninja est à son paroxysme ! Jûbi, l’ultime démon à dix queues, est d’une férocité surprenante. L’Alliance des clans ninjas est au pied du mur mais Naruto refuse d’abandonner et se jette dans la bataille avec ses frères d’armes. De son côté, Sasuke est plein d’interrogations quant à son rôle au sein des événements en cours. Doit-il suivre la voie d’Itachi et protéger Konoha, ou celle d’Obito, une voie de désillusions et de haine ?

Naruto continue son entrainement afin d’avoir une maitrise parfaire du chakra de Kyûbi, mais cela n’est pas sans risque, et est loin d’être facile. Pendant ce temps, l’alliance des shinobi se déploie sur tous les fronts afin de contrer l’offensive menée par Kabuto et Madara. Grâce à sa technique de réincarnation des âmes, Kabuto ressuscite de nombreux ninjas légendaires comme les sept anciens spadassins de Kiri, les deux frères démons Ginkaku et Kinkaku, Hanzo la salamandre, ou encore les anciens Kage. Les ninjas de l’alliance vont devoir faire preuve de courage et d’une grande volonté pour venir à bout de leurs ennemis…

Les forces de l’Alliance des clans ninjas sont finalement parvenues à sceller les anciens Kage. C’est alors qu’apparaît sur le champ de bataille Madara Uchiwa en personne ! Sa puissance semble sans limites et tous les Kage doivent unir leur forces afin de lui résister. Au même moment, Naruto et Killer Bee sont confrontés à six anciens hôtes sous le contrôle de l’homme masqué. Les forces de la coalition sont en difficulté et la rencontre entre Itachi et Sasuke pourrait bien rabattre les cartes…