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Josh et Sophie savent désormais que le docteur Dee possède le livre qui permet à Nicolas Flamel, le célèbre alchimiste, et sa femme Pernelle de rester en vie. Fuyant une nouvelle attaque de leur ennemi, les jumeaux débarquent à Paris mais se retrouvent vite pris dans les filets d'un autre personnage, Machiavel, et son armée de monstres...