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Une peste créée par l'homme a ravagé la Terre. Les rares survivants forment une communauté avec une espèce inoffensive, fabriquée pour remplacer les humains, les Crakers. À sa tête, un couple au passé tumultueux, Toby, experte en champignons et abeilles, et Zeb, mangeur d'ours et fils d'un prêcheur maléfique. Dépositaire et garante de la mémoire, Toby transmet aux Crakers, curieux comme des enfants et avides de légendes, l'histoire des hommes. Au contact les uns des autres, humains et Crakers posent les fondements d'un nouveau monde...