En 1957, Indiana Jones, âgé de 58 ans, est toujours enseignant en archéologie. Il est confronté à l'Union soviétique pendant la Guerre Froide. Le professeur Irina Spalko le capture avec son ami "Mac" et pénètre dans une base militaire américaine, renfermant d'anciennes reliques. L'entrepôt militaire secret concerné n'est autre que le Hangar 51 de la fin des Aventuriers de l'arche perdue. Il s'enfuit, retourne au Marshall College. Il est néanmoins contraint de démissionner à cause de ce récent évènement dans le contexte du maccarthisme (chasse aux rouges). Un jeune motard Mutt Williams le trouve alors qu'il s'apprête à partir. Une lettre de sa mère Marion Ravenwood, qui a bien connu le professeur dans l'épisode de l'arche Perdue, lui demande de retrouver Indiana qui est le seul à pouvoir la sauver ainsi que son vieil ami : le professeur Oxley. En effet, ce dernier s'est lancé dans une étude archéologique au sujet du conquistador Francisco de Orellana et de la cité d'Eldorado...