Le ciel tokyoïte est caché par un vaisseau spatial géant depuis trois ans. Comme le reste des habitants, Kadode et Ôran n'y prêtent plus attention et vivent leur vie sans remarquer que des envahisseurs se sont infiltrés dans la population. Ils terminent leur dernière année de lycée. Mais le crash d'un appareil sur le quartier de Kichijôji pourrait mettre fin à leur paisible quotidien.