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Wise a été gravement touché. Rebecca et Happy filent sur  le Belial Gore pour lui apporter un médicament qui pourrait  le sauver. Sur le trajet, ils sont confrontés à Sylphe du vent  qui parvient à les emprisonner. Shiki et Homura tentent de les secourir, mais ils sont aussitôt stoppés par Sylphe et son frère.  L'affrontement contre Drakkhen se précise, mais l'avenir  s'assombrit brusquement pour l'équipage de l'Edens Zero... 

Kobayakawa, brimé par son propre manque de confiance en lui, est un garçon solitaire et plutôt réservé. Pourtant, trois filles aux caractères bien distincts tombent amoureuses de lui. Kanô est conquise par son courage. Matsukata est séduite par son côté taciturne. Mais qu'en est-il de Hoshino ?Les voilà tous partis en voyage scolaire, moment unique de liberté dans la vie d'un lycéen. Comment vont évoluer leurs relations lors de cette escapade ?

De retour de Tokyo, Hoshino angoisse profondément à l'idée de ne pas retrouver une vie normale au lycée après s'y être montrée sans maquillage. Kobayakawa lui montre alors la force des liens qu'elle a tissés tout au long de l'année écoulée. Maintenant, il lui reste une dernière chose à faire : il doit s'affranchir de ses derniers freins pour se lancer au secours de sa bien-aimée.

L'équipage de l'Edens Zero, guidé par Laguna, est entré en contact avec “Oasis”, une armée de rebelles qui se terre sur Sandra, la planète du sable. Shiki parvient à convaincre Goodwin, leur chef, de coopérer pour empêcher la destruction de toutes les machines du plan mis au point par Poséidon Shura. Pendant ce temps, dans la zone spatiale de la planète Nero 66, Eraser d'Oracion Seis a engagé le combat contre Shura. Shiki et ses amis vont essayer d'en profiter pour s'infiltrer sur Nero 66.

Discrètement, les knockers se sont infiltrés dans toutes les strates de la société et jusque dans l'école de Imm. Résolu à secourir tous les humains parasités, il refuse de rentrer auprès des siens tant qu'il n'aura pas atteint son objectif. Pourtant, Imm doit se rendre à l'évidence : peu de solutions existent. L'enquête de Fen et Nikson permet de mettre à jour les liens étroits qu'entretiennent La Garde et Mizuha, manipulée par son knocker.

Alors que Wise et les autres progressent dans le sous-sol de Nero 66 afin d'atteindre le All Link System en vue de le détruire, voilà que se dressent devant eux les Oceans 6. Homura parvient à vaincre Milani, Wise doit affronter Nasseh, maître de l'hypnose, et Rebecca  est contrainte à un duel contre Lyra.De son côté, Shiki cherche à rejoindre ses amis pour aller délivrer ensemble Witch tombée entre les mains de Shura. C'est alors qu'arrive Justice...  La grande bataille de Nero 66 prend une nouvelle tournure bien plus complexe !

L'affrontement a été intense, mais Shiki et l'équipage de l'Edens Zero sont finalement venus à bout de l'unité 6 des Beast de Poséidon Nero. Puis, ils ont vu l'armée du système stellaire gouvernementale débarquer et anéantir sans le moindre effort l'unité 1 ! Shiki et Homura ont alors été emprisonnés en raison de leur lien avec Erzy, et Justice se montre extrêmement agacé… Harmit et Wise se sont quant à eux rendus sur un “satellite serveur” qui émet un virus informatique responsable d'une crise de folie généralisée chez les machines. Ils se retrouvent face au professeur Muller qui avait torturé Harmit autrefois, et dont les sévices la traumatisent encore aujourd'hui ! Nos amis vont-ils pouvoir se débarrasser de ce cruel scientifique et ainsi libérer les machines de leur virus maléfique ?

Avant de prendre la route qui les conduira vers le cosmos externe, Shiki et tout l'équipage de l'Edens Zero font un petit détour par Granbell où ils découvrent que Ziggy est toujours en vie ! Cependant, méconnaissable, ce dernier annonce la suprématie des machines, affirme vouloir prendre le contrôle de l'humanité et attaque soudainement l'Edens Zero. Heureusement, grâce à l'intervention surprise d'Erzy, le pire est évité. Ziggy parti en quête de Mother à bord de l'Edens One, Shiki décide de le poursuivre...Mais nos héros interplanétaires sont contraints de s'arrêter à la frontière de Cosmos Sakura lorsque leur vaisseau arrive à Dragon Fall…

Chika est disqualifiée du tournoi d'épée individuelle pour s'en  être pris à l'arbitre. Toujours en lice pour le tournoi par équipes,  elle est abordée par la nouvelle star montante de la discipline,  Natsuki Matsui. Cette dernière se montre très véhémente envers  Chika, qu'elle semble connaître. Très remontée, Chika  rentre chez elle et découvre un DVD laissé par sa mère.  Celui-ci contient l'enregistrement d'un match  d'un mystérieux escrimeur de génie...

Le clan des chasseurs d'immortels a transformé Kurômaru en sabre divin.  Terrassé pour un temps par une attaque anti-immortalité, Tôta finit par  évoluer à un stade supérieur et vole à la rescousse de Kurômaru. Grâce  à son nouveau pouvoir, il localise son ennemi Yolda Baoth, le mage du  commencement. Il ne reste que peu de temps avant la fin du monde.  Pour les membres de UQ Holder, l'heure de la bataille finale a sonné !

Le combat fait rage entre Natsuki et Chika au tournoi du Kanto. Surdéterminée, Natsuki a marqué d'entrée de jeu son territoire en brisant la lame de Chika. Traumatisée par son passé, cette dernière ne parvient toujours pas à interpréter l'origine de la colère de son adversaire. Elle est bien loin de se douter de la révélation étourdissante qui l'attend à l'issue de son duel…

En vue du combat final contre Yolda Baoth, Tôta est enfin arrivé au sommet de la tour, comme il en rêvait… Mais soudain, Baal lance une  attaque surprise. Ce qui s'est passé par la suite ? Il n'en sait rien, car il a  perdu la mémoire… Quarante-trois ans plus tard, il se fait attaquer par un  féroce ennemi à la solde de Baal ! Au bout d'un rude combat au péril  de sa vie, Tôta découvre avec horreur le sort de tous ses amis…

Hoshino a décidé de venir en classe sans maquillage. Mais la réaction de ses camarades n'a pas été celle qu'elle espérait. Elle a donc pris la fuite... loin, à Tokyo. Comment Kobayakawa va-t-il pouvoir la retrouver dans une ville aussi vaste ?  À deux doigts de baisser les bras, il va trouver du soutien grâce à des alliées inattendues...

Dans le plus grand des  secrets,  Hoshino, la populaire, et  Kobayakawa, le taciturne, ont commencé à sortir  ensemble. De leur côté, Matsukata, la harcelée, et Kanô, la harceleuse, se rapprochent... Tout semble aller pour le mieux dans le meilleurdes mondes. Mais qu'en est-il vraiment ? Sous les apparences se cachent des tensions profondes, du ressentiment et de l'angoisse. La fin de l'année approche  et le temps qui passe n'est pas toujours un atout... 

La randonnée est le dernier grand événement de l'année pour les élèves de première. L'occasion de faire face à ses blessures et de se préparer à affronter l'avenir. Matsukata, Kanô, Takahashi, Yuki, Riho, sans oublier Kobayakawa et Hoshino, tous devront ouvrir leur cœur pour tenter d'achever cette année en beauté, avant d'effectuer  leur ultime rentrée au lycée......

Alors que Kazuma et Yato tentent d'échapper aux  sbires du mage, Yukine est complètement perdu.  Déchiré entre sa peur et sa colère, il est en train de se transformer en ayakashi. Voyant le piège qu'il lui  a tendu se refermer sur le jeune shinki, le mage en  profite… De son côté, Hiyori identifie enfin l'ombre qui  menace sa maison. Accompagnée d'un guide inattendu,  elle se lance sur la piste de ses amis… sans se douter  de la terrible vérité qu'elle va découvrir…

Kobayakawa, brimé par son propre manque de confiance en lui, est un garçon solitaire et plutôt réservé. Pourtant, trois filles aux caractères bien distincts tombent amoureuses de lui. Kanô est conquise par son courage. Matsukata est séduite par son côté taciturne. Mais qu'en est-il de Hoshino ?Les voilà tous partis en voyage scolaire, moment unique de liberté dans la vie d'un lycéen. Comment vont évoluer leurs relations lors de cette escapade ?

L'Edens Zero suit les traces de Mother Ether et arrive sur Foresta, la planète verte. L'équipage découvre alors que toutes les machines se sont révoltées sous l'influence de Ziggy et qu'elles ont réduit les humains en esclavage ! Bon gré mal  gré, Shiki et ses compagnons affrontent les machines, mais Beast, le corps franc de Poséidon Nero, démarre sa mission d'élimination ! Dans le même temps, Erzy  puis  Justice,  qui est à sa poursuite,  atterrissent également sur  Foresta...  Les différents  combats sur cette nouvelle planète  s'annoncent  ardus,  tandis que  le piratage déclenché par  Ziggy  risque de mettre hors course les Quatre Étoiles brillantes... 

Le professeur Muller a été annihilé et la révolte des robots sur Foresta maîtrisée. Cependant, Poséidon Nero a confié le commandement d'Oceans 6 à son fils Shura qui en profite pour se lancer dans un projet d'extermination globale des machines… L'Armée gouvernementale et les Pirates du cosmos sont sur les traces du Grand Démon Ziggy, source de tous les maux. Shiki et ses amis suivent quant à eux un entraînement spécial sous l'égide de Xenolith afin de vaincre Ziggy le moment venu.Une gigantesque quantité d'Ether occupe Cosmos Aoi annonçant une bataille galactique sans précédent !

Suite à une longue errance, Tôta a enfin retrouvé tous ses compagnons. Mais leur joie n'est que de courte durée, car ils se font très vite attaquer par une armée de démons et par Ikkû, qui est tombé entre les mains de leurs ennemis. Tôta parvient à repousser leur assaut en libérant Santa de son sceau, et tout le monde rentre au Japon. Là-bas, il apprend ce qu'il s'était passé quarante-cinq ans auparavant. De son côté, Karin dérive seule dans l'espace depuis une éternité et commence à sombrer dans le désespoir…