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L'Edens Zero suit les traces de Mother Ether et arrive sur Foresta, la planète verte. L'équipage découvre alors que toutes les machines se sont révoltées sous l'influence de Ziggy et qu'elles ont réduit les humains en esclavage ! Bon gré mal  gré, Shiki et ses compagnons affrontent les machines, mais Beast, le corps franc de Poséidon Nero, démarre sa mission d'élimination !