Une nouvelle génération de ninjas débarque à Konoha ! Boruto est chargé d'une nouvelle mission : assurer la protection de Tentô. Au début, Boruto supporte mal son attitude d'enfant gâté et ses caprices. Cependant, les deux jeunes se rapprochent peu à peu grâce aux cartes à collectionner et aux shuriken. Mais Tentô se fait kidnapper et Boruto part seul à sa recherche...
Une nouvelle génération de ninjas débarque à Konoha ! Afin de chercher le réceptacle disparu, la mystérieuse organisation Kara commence à bouger. Dans le même temps, Boruto et Naruto s'affrontent lors d'un entraînement. Boruto est furieux de découvrir un outil scientifique ninja au bras droit de Naruto ! Une nouvelle menace plane sur Konoha, et une nouvelle mission est confiée à Boruto...
L'ex-shinobi, Ao, se dresse devant Boruto et ses amis ! Boruto et les autres ne peuvent rien faire contre le puissant Ao doté d'outils scientifiques ninjas. Boruto a-t-il un plan pour sortir de cette situation désespérée ?
La VIe Grande Guerre Ninja n'est plus qu'un lointain souvenir et la paix s'est installée. Mais un ennemi ressemblant étrangement à Kaguya fait son apparition et s'attaque à Killer Bee... Sasuke enquête dans l'ombre et rentre pour prévenir Naruto du danger ! A Konoha, on prépare l'examen des ninjas pour passer ninja de moyenne classe. Boruto, le fils de Naruto, doit y participer en compagnie de Sarada et de Mitsuki. Boruto demande alors à Sasuke, le compagnon d'armes de son père, de le prendre comme disciple...