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Retenu prisonnier dans une commanderie templière moderne qui offre tous les aspects du laboratoire expérimental, D. Miles est soumis à une série de tests censés permettre à de mystérieux observateurs de décrypter l'héritage dont il est dépositaire, sans le savoir. L'animus est une machine sophistiquée. Grâce à la complicité de Lucy, infiltrée chez les Templiers, D. Miles échappe à ses geôliers.

« Je me vengerai de ceux qui ont trahi ma famille. Ezio est ma nouvelle identité. Assassin est ma destinée. » Trahi par les familles dirigeantes d'Italie, un jeune homme se lance dans une épique quête de vengeance. Afin d'éliminer la corruption et de rétablir l'honneur des siens, il deviendra un assassin. Il fera appel à la sagesse de grands esprits comme Léonard de Vinci ou Nicolas Machiavel, car il sait que sa survie dépend des dons qu'il doit développer. Aux yeux de ses alliés, il représente le changement car il combat pour la liberté et la justice. Mais ses ennemis le considèrent comme la pire des menaces car il a voué son existence à la destruction des tyrans qui oppriment le peuple d'Italie. Ainsi commence une histoire de pouvoir, de vengeance et de conspiration. La vérité s'écrit dans le sang.