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Six mois après la résolution de l'affaire du Rieur, des terroristes se faisant appeler Les onze individuels prennent les employés de l'ambassade de Chine en otage. La Section 9 a pour mission de sauver les victimes prises dans ce conflit. L'équipe d'Aramaki enquête alors sur un complot impliquant le nouveau gouvernement et les réfugiés politiques qui ont aidé à la reconstruction du pays. Motoko Kusanagi et son équipe sont alors contactés par le non moins mystérieux qu'effrayant Kazundo Goda, un agent de l'ombre apparemment très influent au gouvernement.

2030. Le monde entier est tissé de réseaux électroniques. Une force spéciale d'intervention, la Section 9, a été mise en place par le ministère de l'Intérieur pour traquer la cybercriminalité. Elle est dirigée par le Major Motoko Kusanagi, dont le corps est entièrement cybernétisé. La Section 9 enquête sur les agissements d'un hacker de génie dénommé Òle RieurÓ. Considéré comme un dangereux criminel du fait de ses exactions et de ses hacks de cyber-cerveaux, il semble cependant être animé par une noble cause... Sur la piste du Rieur, la Section 9 va alors plonger dans un vaste complot médico-politique.

Plus d'enfant, plus de futur, plus d'espoir. Année 2027 : depuis 18 ans, aucune naissance n'a eu lieu. Theo s'est résigné à vivre dans cette société sans avenir, jusqu'au jour où son ex-compagne Julian, lui demande de protéger l'ultime espoir du genre humain : une jeune femme enceinte.