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Sur la station orbitale... Un homme se tient immobile, le poids de la solitude pesant de toutes ses forces sur ses épaules… Mais il est sous l'emprise de son ennemie jurée, le mage du commencement qui hante son esprit à l'aide de sa “résonance”. Il doit supporter une douleur inimaginable ! Tôta et ses amis se sont promis de sauver Negi mais parviendront-ils à vaincre le mage du commencement ?! Un combat titanesque s'amorce !Nodoka miyazaki, negi springfield, yue ayase, rakan... Les personnages de Negima! font leur retour. 

Tôta et Karin ont ingurgité par erreur un sérum de vérité dans le bureau de Yukihime qui les place en isolement le temps que la drogue se dissipe. L'occasion pour Tôta et Karin d'avoir des échanges sincères sur ce qu'ils ressentent et de s'apprécier enfin... ou pas.Mais l'heure du tournoi de Mahora approche et l'agitation autour de Tôta retombe et semble tourner en faveur du festival et des activités qu'il propose.

Un combat à mort est en train de se dérouler entre le grand-père et son petit-fils. Pour vaincre Negi, Asuna Kagurazaka a demandé à Tôta et ses amis de faire durer la bataille au moins 37 secondes. Mais vont-ils réussir à tenir tête si longtemps à ces adversaires surpuissants ?!

Yukihime a envoyé Tôta et Kirié à Kyôto pour fouiller l'atelier de Nagi, le père de Negi Springfield. Mais entre les visites de la ville et les nuits à l'auberge, Kirié a l'impression d'être en week-end avec son amoureux... Mais la réalité va vite les rattraper... À peine sont-ils entrés dans l'atelier, qu'un mystérieux vieillard excentrique leur en fait voir de toutes les couleurs. Qui est ce personnage qui se prend pour le maître des lieux ?

Pour rejoindre la capitale et réaliser son rêve, Tôta Konoe doit défier et battre sa tutrice, la magicienne Yukihime. Chaque jour, selon les règles imposées par le chef du village, Yukihime et le jeune garçon s'opposent en duel, jusqu'à l'arrivée d'un chasseur de primes qui en veut à leurs vies.

Transformé en vampire pour échapper à une mort certaine, Tôta Konoe part pour la capitale en compagnie de sa tutrice Yukihime et de Kurômaru Tokisaka. En chemin, ils croisent la route d'un clan d'immortels du nom de UQ Holder, dont Yukihime était autrefois le chef. Afin de rejoindre l'organisation, Tôta se prépare à une série de rudes épreuves.

Tôta et les autres numéros de UQ Holder se font passer pour des élèves du collège Mihashira afin d'élucider des meurtres causés par un non-humain. Bientôt, ils découvrent que leur colocataire, Santa, n'est autre qu'un fantôme. De toute évidence, c'est lui qui est à l'origine de ces crimes. Mais l'affaire n'est pas si simple car arrive un deuxième fantôme, Sayoko, qui se révèle être l'éminence grise de toute cette histoire ! Tôta sera-t-il assez puissant pour contrecarrer ses plans ?

Tôta et ses compagnons se sont rendus au pied de la fameuse tour Ama-no-mihashira pour y coincer le véritable ennemi de UQ Holder : Fate Averruncus. Face à la puissance écrasante du magicien, les numéros ont eu fort à faire. Mais grâce au don miraculeux de Kirié Sakurame, ils sont finalement parvenus à capturer Fate qui retrouve Evangeline après 20 ans de séparation. Le combat s'engage aussitôt !