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Après avoir quitté une Terre mise à mal par les échecs de nos sociétés, l'Arche, premier vaisseau à coloniser une exoplanète, arrive au bout d'un long voyage de 80 ans. Ce nouveau monde baptisé Eden est synonyme de nouvelle chance pour l'humanité. Mais cette planète recèle également de nombreuses surprises. Parmi elles, l'une vient même d'ailleurs… Qui sont ces êtres, pourtant si différents, qui disent venir eux aussi de Terre ? Comment se passeront la colonisation et la cohabitation ? Eden abrite bien des mystères et tout autant de dangers. Fera-t-elle de la colonisation le nouvel espoir tant attendu, ou au contraire la fin de notre civilisation ?

Bowman se réveille après un second coma cryogénique. Alors qu'il s'attendait à être entouré des scientifiques de l'Arche, prêts à le soigner de son empoisonnement, il se retrouve seul dans un environnement qui lui est devenu inconnu. À la recherche de ses équipiers, il s'engage dans un monde foncièrement différent de celui qu'il connaissait, bien que radicalement marqué par les événements vécus à son époque. Bowman comprend que la planète n'a pas encore révélé sa principale menace. Seulement s'y attaquer peut s'avérer difficile dans un monde qui a régressé technologiquement et où les religions ont pris le pas sur la science.

La colonie, dernier vestige de l'humanité échoué sur la planète Eden, tente de se reconstruire après sa guerre civile. Par ailleurs, un conflit avec les tribus primitives voisines semble de plus en plus inévitable. Alors que militaires et politiciens opposent deux visions, l'une pacifiste et l'autre belliqueuse, les scientifiques se concentrent sur le passé d'Eden, qui leur réserve encore de nombreuses surprises. Les survivants atlantes, bien que réduits numériquement, s'intègrent au reste de la communauté, prenant progressivement des rôles de plus en plus stratégiques. Dans le même temps, les colons s'étendent géographiquement. Mais s'agit-il de l'expansion d'une nouvelle civilisation, ou bien du chant du cygne de la nôtre ?