Équipé du modèle n° 10, la toute première arme kaiju dotée de sa conscience propre, Hoshina parvient non sans heurts à élever son potentiel de combat pour triompher de la meute de kaiju opposés à lui. Une bataille de gagnée, mais pas la guerre : au même moment, six giga-kaiju surgissent dans le secteur d'Ôizumi où se trouve Kafka. La situation prend une tournure catastrophique, mais un renfort inattendu entre en scène !
Quelques mois ont passé depuis que Sarah a quitté la clinique et intégré le lycée de la ville. Alors qu'elle commence sa formation pour intégrer la brigade, un nouveau patient, Nicolas, est admis. Mais Léonard, le patient insomniaque qui retient la femme d'Angus prisonnière de ses cauchemars, s'échappe et se précipite dans le cauchemar de Nicolas.