La carrière de Chesterfield s'achève et les querelles avec Blutch sont maintenant terminées. Il doit à présent retourner à la vie civile et épouser la mère de sa fille.
Alors que le directeur, Isao Shinomiya, semble sur le point de triompher du terrible Kaiju n° 9 au terme d'un combat titanesque, un étrange phénomène se produit... Dans un ultime effort, l'ennemi parvient finalement à atteindre son objectif en absorbant les pouvoirs du n° 2, puis tente de prendre la fuite. Mais c'est sans compter Kafka, Kikoru et Narumi qui ont accouru sur les lieux pour l'arrêter !
Après l'entraînement spécifique qu'il a suivi, voici venue l'heure pour Reno de prouver qu'il est véritablement apte à utiliser un modèle numéroté sur le terrain ! De son côté, Iharu bouillonne face à la progression fulgurante de son camarade mais un événement imprévu qui survient en plein combat va produire un déclic...