La carrière de Chesterfield s'achève et les querelles avec Blutch sont maintenant terminées. Il doit à présent retourner à la vie civile et épouser la mère de sa fille.
Un raid aérien s'abat sur la base de Tachikawa ! Réagissant rapidement, les membres des Forces de Défense commencent à repousser les yoju, tandis que le vice-commandant Hoshina libère sa puissance maximale pour affronter le méga-kaiju qui dirige l'attaque ! Mais alors que le combat semble tourner à l'avantage du sabreur, un changement inattendu se produit chez son adversaire... Cette nouvelle menace est sérieuse, car elle met immédiatement en alerte le sixième sens de Kafka...
Démasqué et capturé par les Forces de Défense, qui le considèrent comme une menace, Kafka se trouve face au directeur Isao Shinomiya, venu en personne procéder à son exécution. Luttant sans relâche pour prouver sa nature d'être humain, Kafka perd malheureusement la maîtrise de son pouvoir face à la puissance du Kaiju n° 2. Parviendra-t-il à ramener le n° 8 sous contrôle avant qu'il soit trop tard ?!
Une nouvelle fois confronté à une attaque du Kaiju n° 9, Kafka ne parvient pas à se transformer. Rejoint par Kikoru, qui l'aide à faire face aux stratagèmes de l'ennemi, il finit par réaliser qu'une peur inconsciente le retient... Au même moment, une nouvelle menace surgit devant le commandant Narumi. Le n° 9 serait-il capable d'évoluer en cours de combat ?!
Alors que le directeur, Isao Shinomiya, semble sur le point de triompher du terrible Kaiju n° 9 au terme d'un combat titanesque, un étrange phénomène se produit... Dans un ultime effort, l'ennemi parvient finalement à atteindre son objectif en absorbant les pouvoirs du n° 2, puis tente de prendre la fuite. Mais c'est sans compter Kafka, Kikoru et Narumi qui ont accouru sur les lieux pour l'arrêter !
Après l'entraînement spécifique qu'il a suivi, voici venue l'heure pour Reno de prouver qu'il est véritablement apte à utiliser un modèle numéroté sur le terrain ! De son côté, Iharu bouillonne face à la progression fulgurante de son camarade mais un événement imprévu qui survient en plein combat va produire un déclic...