Démasqué et capturé par les Forces de Défense, qui le considèrent comme une menace, Kafka se trouve face au directeur Isao Shinomiya, venu en personne procéder à son exécution. Luttant sans relâche pour prouver sa nature d'être humain, Kafka perd malheureusement la maîtrise de son pouvoir face à la puissance du Kaiju n° 2. Parviendra-t-il à ramener le n° 8 sous contrôle avant qu'il soit trop tard ?!
Une nouvelle fois confronté à une attaque du Kaiju n° 9, Kafka ne parvient pas à se transformer. Rejoint par Kikoru, qui l'aide à faire face aux stratagèmes de l'ennemi, il finit par réaliser qu'une peur inconsciente le retient... Au même moment, une nouvelle menace surgit devant le commandant Narumi. Le n° 9 serait-il capable d'évoluer en cours de combat ?!
Alors que le directeur, Isao Shinomiya, semble sur le point de triompher du terrible Kaiju n° 9 au terme d'un combat titanesque, un étrange phénomène se produit... Dans un ultime effort, l'ennemi parvient finalement à atteindre son objectif en absorbant les pouvoirs du n° 2, puis tente de prendre la fuite. Mais c'est sans compter Kafka, Kikoru et Narumi qui ont accouru sur les lieux pour l'arrêter !
Tandis que Reno, tout premier candidat compatible avec le modèle n° 6, poursuit son entraînement, Kafka redouble d'efforts pour apprendre les techniques martiales de Hoshina. Dans le même temps, les Forces de Défense préparent leurs différentes unités et Narumi donne son feu vert à Kikoru pour qu'elle utilise le modèle n° 4, celui de sa mère. La nouvelle génération sera-t-elle parée à encaisser la nouvelle offensive du Kaiju n° 9 ?
Après l'entraînement spécifique qu'il a suivi, voici venue l'heure pour Reno de prouver qu'il est véritablement apte à utiliser un modèle numéroté sur le terrain ! De son côté, Iharu bouillonne face à la progression fulgurante de son camarade mais un événement imprévu qui survient en plein combat va produire un déclic...