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Une nouvelle fois confronté à une attaque du Kaiju n° 9, Kafka ne parvient pas à se transformer. Rejoint par Kikoru, qui l'aide à faire face aux stratagèmes de l'ennemi, il finit par réaliser qu'une peur inconsciente le retient... Au même moment, une nouvelle menace surgit devant le commandant Narumi. Le n° 9 serait-il capable d'évoluer en cours de combat ?!

Tandis que la dernière épreuve de l'examen pour intégrer les forces de défense arrive à son terme, un mystérieux kaiju humanoïde ressuscite le principal monstre que Kikoru venait d'éliminer. Pour sauver cette dernière, Kafka n'a d'autre choix que de se transformer devant elle et ainsi de révéler son secret.

Bill, Boule, Caroline et leurs amis sont décidés à partir à l'abordage, avec des aventures hilarantes.

Alors que le directeur, Isao Shinomiya, semble sur le point de triompher du terrible Kaiju n° 9 au terme d'un combat titanesque, un étrange phénomène se produit... Dans un ultime effort, l'ennemi parvient finalement à atteindre son objectif en absorbant les pouvoirs du n° 2, puis tente de prendre la fuite. Mais c'est sans compter Kafka, Kikoru et Narumi qui ont accouru sur les lieux pour l'arrêter !