Le jeu se déroule à notre époque à Hope County, un comté fictif du Montana, aux États-Unis.
Hope County abrite un culte fanatique appelé « Projet d'Eden's Gate », dirigé par le prophète Joseph Seed et les membres de sa famille, qui prêchent et prédisent la fin du monde. Le joueur incarne un shérif junior qui se donne pour objectif de former une résistance permettant de lutter contre la secte de Seed tout en libérant ses coéquipiers pris en otage par chaque membre de la famille de Seed.