1533 : quelque part au-dessus de la mer de Chine à bord du Grand Condor, Esteban, Zia et Tao, accompagnés de Mendoza et ses deux marins Sancho et Pedro, sont en route pour le Japon à la recherche de la troisième Cité d'Or ! Cette quête s'annonce difficile car les trois adolescents font maintenant face à un ennemi déclaré, Zarès, et son terrible ultimatum : pour revoir son père, Esteban doit livrer la troisième Cité d'Or...