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New-York, XXIIIe siècle. Une énorme boule de feu fonce sur la terre et menace de l'anéantir. Un vieux moine, Cornelius, connaît le moyen de l'arrêter : il faut retrouver le Cinquième Élément, l'être suprême, qui associé aux quatre éléments vitaux - l'air, l'eau, le feu et la terre - peut seul repousser le Mal. Cornelius reçoit l'aide de Korben Dallas, chauffeur de taxi et ancien agent secret, et de Leeloo, extraterrestre qui a pris la forme d'une splendide jeune femme aux cheveux orange. Le trio se lance dans de folles aventures pour sauver l'humanité mais doit affronter le redoutable Zorg et ses alliés, les terribles Mangalores...

Octobre 1958, en pleine guerre froide, des scientifiques yougoslaves sont gravement irradiés dans le cadre d'une mission tenue secrète. Ils sont soupçonnés de travailler à la fabrication d'une bombe nucléaire. Rapatriés en France, ils sont pris en charge par le professeur Mathé à l'Institut Curie. Une course contre la montre s'engage alors pour les sauver...